Genomic epidemiology study of monkeypox virus isolates circulating in Barcelona during the 2022 multi-country outbreak
Estudio de epidemiología genómica de los aislados del virus de la viruela del mono circulantes en Barcelona durante el brote multipaís de 2022
Sandra Martínez-Puchol1,2,*, Andreu C. Pelegrin1,*, Anna Not1,*, Antoni E Bordoy1, David Panisello Yagüe1, Laia Soler1, Sara González-Gómez1, Gemma Clarà1, Martí Vall3,4, Andrea Alemany3,4,5, Maria Ubals3,4,5, Adrià Mendoza3,6, Clara Suñer3,4, Àngel Rivero4,6, Pep Coll4,6, José Miguel Cabrera4,6, Carla Budria1, Cristina Casañ1, Águeda Hernández-Rodríguez1, Pere-Joan Cardona1,7, Verónica Saludes1,8, Elisa Martró1,8
1Microbiology Department. Laboratori Clínic Metropolitana Nord. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol. Germans Trias i Pujol Research Institute (IGTP). Badalona. Barcelona.
2Vicerectorat de Recerca. Universitat de Barcelona. Universitat de Barcelona (UB). Barcelona.
3Skin Neglected Diseases and Sexually Transmitted Infections Section. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol. Badalona. Barcelona.
4Fight Infectious Diseases Foundation. Badalona. Barcelona.
5Facultat de Medicina. Hospital Clinic. Universitat de Barcelona. Barcelona.
6BCN Checkpoint. Projecte dels NOMS-Hispanosida. Barcelona.
7CIBER in Respiratory Diseases (CIBERES). Instituto de Salud Carlos III. Madrid.
8CIBER in Epidemiology and Public Health (CIBERESP). Instituto de Salud Carlos III. Madrid.
*These authors contributed equally to this work.
Elisa Martró
E-mail: emartro@igtp.cat
Material and method: This study aimed to describe the viral lineages circulating in Barcelona among cases diagnosed from June to August 2022 by whole genome sequencing.
Results: The tiling amplicon sequencing approach used is a simple methodology that enabled us to obtain complete MPXV genomic sequences in a high percentage of cases. We identified several sublineages of the B.1 variant of MPXV, the predominant outbreak variant worldwide, circulating in Barcelona over the study period.
Conclusion: Genomic surveillance by whole genome sequencing is recommended to track the virus’s spread and understand its evolution. This study’s findings highlight the global spread of MPXV and the importance of genomic surveillance to detect circulating strains. The tiling amplicon sequencing approach used in this study was a simple and effective method for obtaining complete genomic sequences of MPXV.
Material y método: El objetivo de este estudio fue describir los linajes virales circulantes en Barcelona entre los casos diagnosticados de junio a agosto de 2022 mediante una técnica de secuenciación de genoma completo basada en amplicones.
Resultados: La metodología de secuenciación empleada nos permitió obtener secuencias genómicas completas de MPXV de una manera sencilla en un alto porcentaje de casos. Se identificaron varios sublinajes de la variante predominante del brote en todo el mundo (linaje B.1), circulando en Barcelona durante el periodo de estudio.
Conclusión: Se recomienda la vigilancia genómica mediante secuenciación de genoma completo para rastrear la propagación del virus y comprender su evolución. Los hallazgos de este estudio destacan la propagación mundial de MPXV y la importancia de la vigilancia genómica para detectar cepas circulantes. La metodología de secuenciación basada en amplicones utilizada en este estudio fue simple y efectiva para la obtención de secuencias genómicas completas de MPXV.
