Utilidad de la epidemiología genómica del SARS-CoV-2 en el estudio de brotes nosocomiales

Usefulness of the genomic epidemiology of SARS-CoV-2 on the study of nosocomial outbreaks

David Panisello Yagüe1, Andreu C. Pelegrin1, Montserrat Giménez1,2,3, Irma Casas2,4, Antoni E. Bordoy1, Sandra Martínez-Puchol1,5, Nieves Sopena2,3,6, Laia Castellà2, Laia Soler1, Gemma Clarà1, Sara González-Gómez1, Alèxia Paris de León1, Ana Blanco1, Pere-Joan Cardona1,3, Ignacio Blanco7, Verónica Saludes1,8, Elisa Martró1,8*

1Departamento de Microbiología. Laboratori Clínic Metropolitana Nord (LCMN). Hospital Universitari Germans Trias i Pujol. Institut d’Investigació Germans Trias i Pujol (IGTP). Badalona. Barcelona.
2Equipo de Control de la Infección Nosocomial. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol. Badalona. Barcelona.
3CIBER en Enfermedades Respiratorias (CIBERES). Instituto de Salud Carlos III. Madrid.
4Servicio de Medicina Preventiva. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol. Badalona. Barcelona.
5Vicerectorat de recerca. Universitat de Barcelona (UB). Barcelona.
6Servicio de Enfermedades Infecciosas. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol. Badalona. Barcelona.
7Departamento de Genética Clínica. LCMN. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol. Badalona. Barcelona.
8CIBER en Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP). Instituto de Salud Carlos III. Madrid.

Elisa Martró
E-mail: emartro@igtp.cat

 

RESUMEN
Objetivo: Determinar el grado de relación genómica entre casos de infección por SARS-CoV-2 involucrados
en brotes nosocomiales en un hospital de tercer nivel para informar al Equipo de Control de la Infección Nosocomial
(ECIN).
Material y método: Mediante secuenciación rápida de genoma completo (whole genome sequencing, WGS) se
analizaron prospectivamente todos los brotes nosocomiales detectados en 2022 en el Hospital Germans Trias
i Pujol. Los resultados obtenidos referentes a la relación genómica entre casos se informaron rápidamente al
ECIN, y se contrastaron con los informes del estudio de epidemiología clásica.
Resultados: En total se detectaron 23 brotes nosocomiales, en los que todos los casos secuenciados y analizados
(n=227) pertenecieron a la variante Ómicron, aunque se detectaron varios linajes e identificaron distintas
agrupaciones filogenéticas (clusters). La mayoría de los brotes no tuvieron un origen único (fueron policlonales)
y varios de los clusters identificados afectaron a más de una planta del hospital.
Conclusión: Aunque las guías nacionales e internacionales para la vigilancia genómica del SARS-CoV-2 recomiendan
realizar WGS en un 10 % de los casos implicados, nuestros resultados indican que es imprescindible
secuenciar el mayor número de casos posible para comprender mejor la dinámica de transmisión y el alcance
de cada brote nosocomial.

 

ABSTRACT
Objective: To determine the genomic relationship between cases of SARS-CoV-2 infection involved in nosocomial
outbreaks in a third level hospital in order to inform the Nosocomial Infection Control Team (ECIN).
Material and method: Using rapid whole genome sequencing (WGS), all nosocomial outbreaks detected
in 2022 at the Germans Trias i Pujol Hospital were prospectively analyzed. The results obtained regarding the
genomic relationship between cases were quickly reported to the ECIN, and they were compared with the
classical epidemiology study reports.
Results: A total of 23 nosocomial outbreaks were detected, in which all the cases sequenced and analyzed
(n=227) belonged to the Omicron variant of concern, although several lineages were detected and different
phylogenetic clusters were identified. Most of the outbreaks did not have a single origin (they were polyclonal)
and several of the clusters identified affected more than one hospital ward.
Conclusion: Although the national and international guidelines for the genomic surveillance of SARS-CoV-2
recommend performing WGS in 10% of the cases involved, our results demonstrate the usefulness of sequencing
as many cases as possible to better understand the transmission dynamics and the spread of each nosocomial
outbreak.